1. Эта строка нужна в том случае, если Raspberry строит туннель к VPNKI, а с другой стороны к VPNKI подключается еще какое-то устройство с сетью 192.168.100.0/24. Например, когда есть два туннеля - в домашнюю и дачную сети.
В вашем случае второй сети нет - ведь вы обращаетесь со смартфона к домашнему устройству. Поэтому эта строка не нужна.
2. Пункты 9, 10 и 15 инструкции
vpnki.ru/settings/linux/settings-debian относятся к установлению соединения после перезагрузки устройства и после обрыва соединения. Возможно после комментария в rc.local вы не перезагрузили устройство?
3. Увы, описать в инструкции все возможные варианты схем крайне непросто. Для тех, кто хочет разобраться мы сделали базовый пример
vpnki.ru/settings/before-you-begin/guide1-zyxel-android
Однако он про установлению туннеля с Zyxel и смартфона на Android, но базовые вещи, связанные с маршрутизацией едины для всех устройств.
Хорошо, что все получилось. Надеюсь, что вся конструкция будет приносить вам пользу.