перестали работать туннель и url

Да, как-то странно, соединения есть, а не пингуются даже 172.16.20.54 и 172.16.17.244
1. Эти устройства пинговались ранее со страницы Инструменты?
2. Вы что-нибудь меняли на этих устройствах?

16:42:29.893766 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 2, length 64
16:42:30.901886 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 3, length 64
16:42:31.909708 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 4, length 64
16:42:32.917737 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 5, length 64
16:42:33.925891 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 6, length 64
16:42:34.933671 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 7, length 64
16:42:35.935643 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 8, length 64
16:42:36.939696 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 9, length 64
16:42:37.939757 IP 172.16.0.1 > 172.16.20.54: ICMP echo request, id 22673, seq 10, length 64
16:42:38.070833 IP 129.168.88.0.5678 > 255.255.255.255.5678: UDP, length 100
16:42:44.053384 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 1, length 64
16:42:45.061759 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 2, length 64
16:42:46.069726 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 3, length 64
16:42:47.077778 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 4, length 64
16:42:48.085732 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 5, length 64
16:42:49.093731 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 6, length 64
16:42:50.101791 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 7, length 64
16:42:51.110195 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 8, length 64
16:42:52.117743 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 9, length 64
16:42:53.125685 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 10, length 64
16:42:54.133839 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 11, length 64
16:42:55.141710 IP 172.16.0.1 > 172.16.17.244: ICMP echo request, id 24913, seq 12, length 64

Это дебаг на сервере. Видно, что запросы уходят, но reply ответов нет.

Но, есть странный пакет
16:42:38.070833 IP 129.168.88.0.5678 > 255.255.255.255.5678: UDP, length 100

Вообще мне не понятный адрес источника 129.168.88.0
NetRange: 129.168.0.0 - 129.168.255.255 CIDR: 129.168.0.0/16 NetName: NASA-LRCSSE NetHandle: NET-129-168-0-0-1 Parent: NET129 (NET-129-0-0-0-0) NetType: Direct Allocation OriginAS: Organization: National Aeronautics and Space Administration (NASA) RegDate: 1988-01-04 Updated: 2008-10-07 Ref: whois.arin.net/rest/net/NET-129-168-0-0-1 OrgName: National Aeronautics and Space Administration OrgId: NASA Address: IS05/Office of the Chief Information Officer City: MSFC StateProv: AL PostalCode: 35812 Country: US RegDate: Updated: 2017-01-28 Ref: whois.arin.net/rest/org/NASA


Судя по всему, его посылает не сервер VPNKI, а ваше оборудование. У вас Микротик?

Судя по всему, соединения корректны. Со стороны вашего оборудование пакеты приходят и тот самый пакет
6:42:38.070833 IP 129.168.88.0.5678 > 255.255.255.255.5678: UDP, length 100 это работа RouterOS на Микротике - так они ищут друг друга. По крайней мере в Интернете такое мнение.
Если это верно, то значит от ваших устройств трафик приходит.

А что говорит пинг 172.16.0.1, выполненный с Микротика?